Van der Woud wordt getypeerd als een hardwerkende, kritische en grondige onderzoeker die zich niet laat leiden door heersende opvattingen en formele wetenschappelijke kaders, maar teruggaat naar de zuivere bronnen. Hij wordt bewonderd om zijn eigenzinnigheid, tegendraadsheid en onbevangen blik waarmee hij de thema’s van de architectuur in de negentiende eeuw en de ontwikkeling van het Nederlandse landschap bestudeert. Van der Woud werkt aan een consistent oeuvre waarin hij de algemeen aanvaarde geschiedbeelden kritisch tegen het licht houdt en een genuanceerder beeld van de architectuurgeschiedenis construeert. Dit leidde tot een overtuigende rehabilitatie van de negentiende eeuw waarin hij de lezers van Het lege land en Een nieuwe wereld versteld deed staan van de dynamiek en vooruitstrevendheid van dit tijdperk en de overeenkomsten die die tijd met de huidige maatschappij vertoont.Zijn onbevangenheid en onconventionele houding blijkt ook uit zijn pogingen definitief af te rekenen met hardnekkige mythes die in de architectuurgeschiedenis leven. Van der Woud deinst er niet voor terug vastgeroeste academische beelden en reputaties omver te werpen en te pleiten voor een andere architectuurgeschiedenis.

Met zijn boeken Waarheid en karakter (1997) en Sterrenstof (2009) zette hij vraagtekens bij de reputatie van Berlage en Cuypers en stelde dat er een mythevorming rondom deze figuren is ontstaan die in zijn optiek continu kritiekloos wordt herhaald. De gevestigde hoofdrolspelers van de negentiende eeuw, zoals Cuypers en Berlage die traditioneel als wegbereider van de moderne werd beschouwd, plaatste hij in een ander licht.Van der Wouds boeken reiken verder dan de academische kringen. Het lege land was weliswaar een boek dat hoofdzakelijk door vakgenoten werd verslonden, Een nieuwe wereld kon zich verheugen in een grote belangstelling van een breder publiek, niet alleen omdat het hier een buitengewoon fascinerende studie betreft, maar ook omdat het getuigt van een goed gevoel voor stilistisch woordgebruik, een literaire stijl die men maar zelden tegenkomt in de wetenschap.

Auke van der Woud presenteert met zijn boeken een nieuwe visie op architectuur, stedenbouw en landschap. Bijna in de geest van Maaskant zelf, die met zijn gebouwen boven de tijdelijkheid wilde uitstijgen en monumentaliteit nastreefde, heeft ook Auke van de Woud een monumentaal, oorspronkelijk en gezaghebbend oeuvre opgebouwd dat nog lang zijn waarde zal behouden.